En septembre 2003, un coup d’État mené par le Général Veríssimo Correia Seabra déposa Ialá. Reportées plusieurs fois, les élections législatives eurent finalement lieu en avril 2004. Seabra fut tué en octobre de la même année par des factions mutinées. D’après le premier ministre Carlos Gomes, les mutins étaient des soldats au service de l’ONU rentrés du Libéria et insatisfaits de n’avoir pas encore été payés. Vieira fut réélu président le 24 juillet 2005.
Le 1er mars 2009, le chef d’état-major des forces armées, le général Tagmé Na Waié, est tué dans un attentat à la bombe. Le président Joao Bernardo Vieira, que certains militaires tiennent pour responsable de cet attenta, est assassiné à son tour, le 2 mars 2009, par des hommes en armes.
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La Guinée-Bissau a été qualifié de « narco-État » par l’Office des Nations unies contre la drogue et le crime. Le Prid, parti de Vieira, serait particulièrement mouillé dans le trafic de cocaïne. Selon Le Figaro, les attentats contre le général et contre le président Vieira auraient probablement été perpétrés par les trafiquants colombiens, peut-être en représailles contre la destitution en août 2008 du contre-amiral Bubu Na Tchuto, chef de la marine nationale soupçonné de couvrir le trafic .
En avril 2010, un coup d’état – qui voit le retour de Bubu Na Tchuto au premier plan – est organisé par les militaire contre le premier ministre Carlos Gomes Junior. Le premier ministre est relâché le lendemain, mais demeure en résidence surveillée, tandis que Antonio Njai se présente comme le nouvel homme fort de l’armée.
Malgré ses nombreux atouts, la Guinée-Bissau est listé comme étant le troisième pays le plus pauvre du monde, parmi les pays les moins avancés (PMA). L’indicateur de développement humain (IDH) est de 0,35. En 2005, le budget de l’État dépend à 75 % de l’aide internationale. Il n’y a pas partout de l’électricité et 85 % des habitants vivent avec moins de 1 dollar par jour.
En effet, l’instabilité politique, les séquelles de la guerre civile de 1999, l’obsolescence des infrastructures découragent les investisseurs et donc les possibilités de développement.
Le pays possède de nombreuses autres ressources naturelles : bauxite, bois, pétrole, phosphates… Son littoral, très riche en poissons, attire les pêcheurs de l’Union européenne qui viennent pêcher chaque année 500 mille de tonnes de poisson, versant en échange à la Guinée-Bissau environ 7 500 000 €. Le potentiel agricole du pays est énorme, mais sa forêt, par exemple, n’est exploitée que de manière informelle.
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